Biomonitoring je ocenjevanje ekoloških razmer s preučevanjem organizmov, ki živijo v določenem okolju.

Tu merimo snov, njen metabolit ali njen produkt z drugo snovjo v tkivu, ki je prizadeto. To snov imenujemo marker in ima sposobnost, da glede na količino, v kateri je prisotna, lahko škoduje zdravju in povzroči bolezen. Nadalje marker lahko kaže na predklinično fazo bolezni, lahko pa je posledica adaptacije tkiva.