Klinične študije so pokazale protivirusno aktivnost in vitro in na živalskem modelu klorokin fosfata proti virusu SARS (9, 10) in ptičji gripi (11). Zdi se, da klorokin lahko izrazi protivirusno učinkovitost s povečanjem endosomskega pH, ki je sicer potreben za fuzijo virus / gostiteljska celica; poleg tega se zdi, da klorokin moti glikozilacijo celičnih receptorjev SARS COV 10. Klorokin ima tudi imunomodulatorsko delovanje, kar bi lahko povečalo in vivo protivirusno aktivnost.